Это проблема Кохана, а не проблема HTML, PHP. Ваш код работает без Kohana.
Итак, я предполагаю, что у вас есть код, отфильтровывающий ваши переменные $ _POST и $ _FILES перед проверкой их. Попробуйте переместить операторы print_r () в самую верхнюю часть страницы uploadZip.
Также из Руководства пользователя Kohana :
Объект Validate удалит все поля из массива, которые не были специально названы меткой, фильтром, правилом или обратным вызовом. Это предотвращает доступ к полям, которые не были проверены в качестве меры безопасности.
Так что я предполагаю, что вы включаете код, удаляющий эти поля, поскольку вы не указали их специально.
Наконец, в HTML-тегах рекомендуется использовать только двойные кавычки - похоже, у вас есть смесь как тегов с одинарными, так и с двойными кавычками.