Нет ничего плохого в том, как вы работаете.В Git ветвь - это просто указатель на коммит, и когда вы создаете больше коммитов, указатель перемещается вместе с вами до последнего коммита.Учитывая это, нет никакой разницы между вашей исходной веткой A и вашей текущей веткой B, кроме имени.
Теперь, когда вы удалили ветвь A, вы можете переименовать ветвь B в ветвь A, если хотите:
git branch -m branch-b branch-a