Просто загрузите все 3 файла по отдельности:
$xmlOne = simplexml_load_file('path/to/file1.xml');
$xmlTwo = simplexml_load_file('path/to/file2.xml');
$xmlThree = simplexml_load_file('path/to/file3.xml');
Если вы действительно хотите использовать simplexml_load_string вместо simplexml_load_file, вы можете сделать:
$xmlOne = simplexml_load_string(file_get_contents('path/to/file1.xml'));
Ответ для редактирования в вашем вопросе,который работает только для имени Джейн:
$files = array('employees1.xml', 'employees2.xml', 'employees3.xml');
$xpathQuery = '/employees/employee[name="Jane"]';
$count = 0;
foreach ($files as $file) {
$xml = simplexml_load_file($file);
$result = $xml->xpath($xpathQuery);
if (count($result) > 0) {
$count++;
}
}
if ($count > 1) {
echo "Duplicates for Jane";
} else {
echo "No duplicates for Jane";
}