Изучите использование пакетов приложений . Вы можете добавить папку основного сайта application/ в свой API и мобильные сайты в виде пакета приложения. После этого CodeIgniter вернется к просмотру папки application/ основного сайта при попытке загрузить ресурсы.
Используя этот метод, вы можете использовать одни и те же модели, помощники и библиотеки между всеми тремя вашими приложениями, но написать собственные контроллеры и представления для вашего API и мобильных сайтов.
Редактировать (12.01.2012): Для всех, кто заинтересовался, я написал в блоге об этом вопросе обсуждение использования пакетов приложений. Пост можно прочитать здесь .