Я обнаружил, что vcbuild.exe можно использовать для выполнения только ссылок, используя параметр / forcelink:
vcbuild.exe PgoProject.vcproj "ReleasePGOptimize|x64" /forcelink
link.exe также будет работать, хотя с повышенными трудностями в получении правильных аргументов, потому что link.exe не принимает файл .vcproj, содержащий флаги компоновщика, тогда как vcbuild.exe делает.