Причина, по которой это происходит, заключается в том, что преобразования применяются к визуализированному растровому изображению слоя представления.
Если вы хотите, чтобы содержимое метки масштабировалось, также отрегулируйте contentScale:
CGFloat scaleFactor = ...
view.layer.contentsScale = [UIScreen mainScreen].scale + scaleFactor;
view.transform = CGAffineTransformMakeScale( scaleFactor, scaleFactor );