Я не верю - с точки зрения программного обеспечения, PCI-E очень хорошо замаскирован, чтобы выглядеть как (быстрый) PCI.
Насколько я знаю, почти единственный разумный способ сделать это - использовать специализированное оборудование, в частности, логический анализатор с шиной PCI-E. Я использовал анализатор Agilent с датчиком FuturePlus и могу рекомендовать комбинацию только с несколькими оговорками: во-первых, это не дешево. Во-вторых, это может быть чем-то вроде прыжка для кого-то, привыкшего к программному обеспечению.