Он отображается пустым, потому что (согласно DOM) он фактически не имеет никакого содержимого. Я предполагаю, что есть какая-то ошибка браузера, которая приводит к тому, что операции рисования Рафаэля приводят к отсутствию операций.
Попробуйте сделать видимым второй div, пока вы настраиваете его с помощью Рафаэля, а затем скройте его, когда закончите.