(2) вызвано тем, что репо пусто.Сообщение о том, что это не ошибка, это просто уведомление (клонирование пустого репозитория совершенно законно).
(3) вызвано тем, что удаленный репозиторий не является «пустым» репозиторием, то естьимеет рабочую копию, и эта рабочая копия извлечена master
.Похоже, тот, кто настроил ваше удаленное хранилище, вероятно, должен был создать его как чистое хранилище - вы можете попросить его воссоздать его как таковой.