Это происходит со мной все еще в Xcode 5 и 6. Я думаю, что перерисовка иногда просто не перерисовывает панель инструментов.
Попробуйте выйти из полноэкранного режима («Просмотр> Выйти из полноэкранного режима» в Xcode 6), затем снова вернитесь в полноэкранный режим. Это обычно вызывает обновление, и панель инструментов появляется снова.