Хороший способ вызова функций в разных файлах - создать глобальный объект, а затем задать свойства функций этого объекта, например: var myObj = {thefirst1: function () {// некоторый код}, thesecond1: function (){// некоторый код}}
, затем назовите его следующим образом myObj.thesecond1 ()