В xibs, по крайней мере, в Xcode 4, главное меню больше не является выходом приложения, а скорее природой, которую имеет или не имеет объект меню верхнего уровня. Главное меню в кончике главного меню, созданного XCode, имеет такую природу; меню, которое вы сами не создаете.
Начиная с Xcode 4.2.1, нет никакого способа создать меню с нуля в существующем перо и назначить его в качестве главного меню. Вы должны создать перо с уже имеющимся главным меню, используя соответствующий шаблон файла.