Автозагрузка предназначена для глобальных элементов сайта.
Более чистое решение может заключаться в расширении контроллера и загрузке библиотеки в конструкторе этого нового контроллера.Затем все ваши контроллеры расширяются от этого контроллера, кроме тех, которые вы не хотите загружать эту библиотеку - они могут расширять исходный контроллер CI.
Это должно занять менее 5 минут для реализации ивам не придется ничего взламывать.