У вашего вопроса есть некоторые проблемы, как вы упомянули, большинство серверов Windows блокируют службы, непосредственно обращающиеся к графическому интерфейсу, а также службы запускаются как собственный экземпляр пользователя, а не как любой вошедший в систему. В результате, доступ к Пользовательское приложение сложно, если не невозможно (так же, как оно не может видеть ваши пользовательские каталоги)
Что более возможно, так это обратное.
Если у вас есть служба, с которой ваше консольное приложение желает взаимодействовать, она может объявить о своем прибытии, а затем при подключении служба может ответить с инструкциями для выполнения вашего консольного приложения. Но вам необходимо разработать структурный метод для этого.