Перед вызовом deleteRowsAtIndexPaths сохраните indexPath строки, которая в данный момент видна. Обратитесь к этому ответу , чтобы узнать, как это сделать.
После сохранения indexPath, после удаления строк, вызовите этот метод :
[tableview scrollToRowAtIndexPath:savedIndexPath atScrollPosition:UITableViewScrollPositionTop animated:NO];