Вы должны найти элемент управления (Таблица), к которому хотите добавить, если вы просто добавите его в Контейнер, он будет последним элементом управления в ControlTree, как вы видите:
Отметьте-вверх:
<table>
<tr>
<td id="putMeHere" runat="server"></td>
</tr>
</table>
Код:
HtmlTableCell td = [fill in the container control here].FindControl("putMeHere") as HtmlTableCell; //
td.Controls.Add(tempControl);