Что ж, вы можете использовать проверенный (но очень не понравившийся) метод ENTITY в вашем XML-файле, например,
<!DOCTYPE config [
<!ENTITY subpart1 SYSTEM 'config_subpart1.xml'>
<!ENTITY subpart2 SYSTEM 'config_subpart2.xml'>
]>
<config>
<!-- some top-level config items in the main file
<item1>value</item1>
...
<!-- then the external parts -->
&subpart1;
...
&subpart2;
...
</config>
Документ XML технически идентичен, и ваш код JAXB должен работатьбез разницы.