У меня нет опыта работы с репликацией SQL2000 и мало опыта с репликацией слиянием, но есть параметр для публикаций транзакций, называемый немедленный_синхронизация, который контролирует, генерируются ли все статьи при запуске моментального снимка или только статьи, у которых есть неинициализированные подписчики. Это стоит посмотреть.