Вы уверены, что это действительно Jalopy, который вставляет элементы? Возможно, проверьте настройки очистки кода Eclipse. Или удалите Jalopy, чтобы убедиться.
Используете ли вы один профиль Jalopy? Или есть несколько доступных профилей? Возможно, Jalopy переключает профили на лету, и в одном профиле настройки очистки кода отличаются от ожидаемых. И убедитесь, что никакие специфичные для проекта настройки не включены.