Есть много способов решить эту проблему, но вот решения, которые будут самыми простыми для Flex (не для сервера).
Приведенные вами примеры данных немного странны для ИМО.По умолчанию компонент дерева Flex принимает объект (любых типов) и проверяет, есть ли в нем свойство с именем 'children', если оно есть, то оттуда оно разветвляется.
Итак, еслиЕсли вы хотите отобразить эту структуру каталогов в компоненте дерева, вы отправите JSON, подобный следующему:
{name:'/', children:[{name:'foo', children:[{name:'one'},{name:'bar', children:[{name:'two'},{name:'three'}]}]},{name='four'}]}
Имеет смысл?