Если вы скачали phpseclib, вы можете поместить его в папку third_party
и создать простую библиотеку, используя:
set_include_path(APPPATH . '/third_party/phpsec');
require_once APPPATH."/third_party/phpsec/Net/SFTP.php";
class Sftp { }
Что тогда, как и все другие библиотеки, вы можете использовать где угодно в своем приложении Codeigniter.