Я использую GenericEnumMapper и у меня никогда не было проблем с ссылочными запросами.
Map(x => x.Status).CustomType<GenericEnumMapper<MerchantStatus>>();
Не знаю, как применить это к AutoMapping, потому что я его редко использую.Может быть, что-то вроде этого
.Override<MerchantStatus>(map =>
{
map.Map(x => x.Status)
.CustomType<GenericEnumMapper<MerchantStatus>>();
});