Neo4j загружает все данные лениво, то есть загружает их в память при первом обращении. Опция кэширования относится только к стратегии GC, поэтому, когда (или если) ссылки будут GCed. Чтобы загрузить весь граф в память, ваш тип кеша должен быть сильным, и вам нужно пройти весь граф один раз. Вы можете сделать это так:
// untested java code
import org.neo4j.helpers.collection.IteratorUtil;
// ...
for(Node node : graph.getAllNodes()) {
IteratorUtil.count(node.getRelationships());
}
Таким образом, все узлы и отношения будут использованы один раз и, таким образом, загружены в кэш.