Возможно, вы не столкнулись с проблемой MongoDB. Существует ограничение на количество подключений к MongoDB, которое обычно приблизительно равно максимальному количеству файловых дескрипторов, доступных для него.
Похоже, что в вашем коде (вероятно) или в мангусте (менее вероятно) есть ошибка, которая либо создает больше соединений, чем закрывает, либо вообще не закрывает соединения. Например, в Java создание нового экземпляра класса "Mongo" для каждого запроса может привести к такого рода проблемам, но я не работаю с node.js / mongoose, поэтому я не знаю, что такое эквивалент JS.
Следите за mongostat и проверьте, всегда ли увеличивается количество соединений или иногда оно уменьшается. Если это первое, ваш код никогда не освобождает соединения по любой причине. Если это последнее, вы просто создаете их быстрее, чем отключаются пустые соединения. Обычно это происходит из-за того, что для каждого запроса требуется нечто большее (например, драйвер, инициализирующий пул соединений), а не один раз.