Вам нужно будет клонировать репозиторий github в локальный каталог.
git clone git@github.com:user/Reponame yourlocalfolder
После того, как вы сделаете это, создайте новый проект Netbeans, используя существующий исходный код приложения, и перейдите к папке, которую вы только что создали.Netbeans должен автоматически обнаружить репозиторий .git, и плагин должен начать работать.