Применение мудрости от Карла Виттофта выше:
asNumeric <- function(x) as.numeric(as.character(x))
factorsNumeric <- function(d) modifyList(d, lapply(d[, sapply(d, is.factor)],
asNumeric))
Пример:
d <- data.frame(x=factor(1:3), y=factor(2:4), z=factor(3:5),
r=c("a", "b", "c"), stringsAsFactors=FALSE)
> f <- factorsNumeric(d)
> class(f$x)
[1] "numeric"
> class(f$r)
[1] "character"