MyISAM - это «блокировка на уровне таблицы», что означает, что таблица может обрабатывать только один запрос за один раз.
Итак, как сказал @Drazisil, у вас есть несколько вариантов: оптимизировать ваш запрос, чтобы уменьшить проблему блокировок - прекратить использовать функцию простого текста MySQL (что очень плохо работает) - разбить ваш большой запрос на меньшие запросы - улучшить ваши индексы ИЛИ переключиться на innodb, который такое "блокировка на уровне строк"