Вы можете определить стратегию базы данных в Entity Framework Code First. Существует три стратегии по умолчанию
1.DropCreateDatabaseAlways
2.CreateDatabaseIfNotExists
3.DropCreateDatabaseIfModelChanges
если вам нужна пользовательская стратегия, вы можете реализовать ее, используя IDatabaseInitializer и в своем инициализаторе проекта (Bootstrapper) использовать
Database.SetInitializer<DbContext>(new DropCreateDatabaseIfModelChanges<DbContext>());