У вас не должно быть 1 работы с другим поведением. Если вам нужно другое поведение, настройте работу для каждого поведения. Лучше всего в вашем случае иметь 2 отдельных задания, одно для сборок, запускаемых SCM, и одно для сборок, запускаемых вручную.
Есть плагин, позволяющий фильтровать задания на отдельных страницах (на данный момент не помню названия). Вы можете установить все сборки SCM на одной странице, а сборки на другой - вручную, а затем установить страницу сборки вручную как страницу по умолчанию при входе в систему. Пользователи будут видеть только те задания, которые вы хотите запускать по умолчанию вручную, но все равно смогут получить доступ к сборкам, инициированным SCM, выбрав другую страницу.