Я не уверен, что это лучший способ, но у меня это сработало ...
Insets screenInsets = Toolkit.getDefaultToolkit().getScreenInsets(mainScreen.getGraphicsConfiguration());
int taskHeight=screenInsets.bottom;
Dimension d = Toolkit.getDefaultToolkit().getScreenSize();
mainScreen.setSize(d.width/2, d.height - taskHeight);
mainScreen.setLocation(d.width/2, 0);