Если вам нужен только Dependency Injection, вероятно, AutoFac будет лучшим вариантом, поскольку он небольшой, довольно простой и логичный. Это не должно быть трудно грохнуть.
Как только вы это получите, и почувствуете необходимость в более зрелом продукте (который может делать другие вещи, чем просто DI), я бы посоветовал взглянуть на Castle Windsor, довольно мощный из коробки, очень хорошо разработанный и настраиваемый.
Если вам это не нравится, я слышал хорошие новости о StrcutureMap.