Phar поддерживает zip, и файлы zip могут быть защищены паролем. Но вам понадобится обезьяна для ввода zip-пароля при поступлении запроса. Так что нет, бесполезно для программного обеспечения с закрытым исходным кодом.
Но чтобы сделать это несколько серьезным ответом, нет, это действительно не работает:
Предупреждение PHP: include (phar: //phar.zip): не удалось открыть поток: ошибка phar: Невозможно обработать зашифрованные zip-файлы в phar-файле phar "phar.zip" в коде оболочки php на линии 1