Это не PHP, вызывающий эту ошибку, это bash.Это позволяет только так много аргументов.Однако есть способы обойти это.Скорее всего, скрипт выполняет что-то вроде: если вы выполните md5sum * в каталоге с 5000 файлами, вы получите ту же ошибку;хотя единственный аргумент, который вы передали, это *.Передано 5000 имен файлов.
Проверьте здесь:
http://www.linuxjournal.com/article/6060
Удачи!