Скорее всего, ссылка записывается как href="//mw-config/index.php", что приведет к поведению, которое вы видите. Вопрос о том, почему, вероятно, что-то связано с вашей конфигурацией (как-то связано с базовым путем, если это является причиной), но трудно точно сказать, что именно, не зная больше.