Я вижу ту же проблему, используя MonoTouch 5.3.6 (альфа-версия) вместе с monodevelop 3.0.4.5. Я собираюсь попытаться вернуться к более старой версии. Моя проблема возникает, если в приложении есть точка останова.
Обновление
Я отследил проблему до TestFlight. Я столкнулся бы с очень странной отладкой поведения в симуляторе, например, любая точка останова в приложении вызывала бы завершение приложения. Также таймеры и другие вещи не работали правильно. Однако делать релиз в симуляторе работало нормально. Надеюсь, эта информация кому-нибудь поможет.