Вы можете попробовать включить параметр hibernate.show_sql
в true
в своей конфигурации hibernate и посмотреть, есть ли какие-либо неожиданные sql, сгенерированные hibernate.
По моему мнению, одна из распространенных проблем производительности связана с получением размера коллекции, поскольку hibernate будет пытаться запросить всю коллекцию напрямую из БД. Вы можете проверить, есть ли подобные проблемы в вашей программе.
Как предложил Гонсало, вы можете взглянуть на советы по настройке Hibernate, чтобы увидеть, есть ли какие-либо улучшения кодирования, которые вы можете сделать.