В .Net я обычно создаю отдельную библиотеку классов и ссылаюсь на нее в своем проекте. Эта библиотека классов выполняет все операции выбора, вставки и обновления базы данных. Или я помещаю классы или статические методы в папку App_Code.
В iPhone Dev, куда я помещаю этот слой данных, чтобы разделить код и логику. К этому слою, файлам, будут обращаться все представления, контроллеры, которым нужны данные и которые хотят записать в базу данных.