Нажатие на кнопку панели задач заставит Windows отправить сообщение WM_ACTIVATEAPP в программу с параметром, который позволяет узнать, активировано оно или деактивировано. Обработайте это сообщение, чтобы получать уведомления. Также будет более позднее сообщение WM_SHOWWINDOW с параметром SW_RESTORE или SW_MINIMIZE.
Более важный вопрос "Почему?" Если с помощью этого щелчка программа выполнит что-то, кроме обычного приложения Windows (активировать, если неактивно, деактивировать, если активно), пользователь будет удивлен. Редко хорошей идеей является удивление пользователя нестандартным поведением для управления окнами приложения. Если вместо этого вы используете этот перехват для управления внутренним состоянием в приложении, не меняя, как приложение активирует и деактивирует, эти сообщения WM _... как это можно сделать.