Не знаю об использовании самого механизма hibernate, я думаю, что это будет зависеть от того, как вы отобразили свои объекты модели, если вы не видите отображения, вы можете пройти через объект сеанса hibernate и использовать стандартный SQL;
session.createSQLQuery("select idCol from someTable where someId not in (
select someId from anotherTable)");
Затем используйте метод list () в запросе и используйте автобокс для массива primtive int.