При наличии нескольких фонов фоны являются слоистыми, поэтому технически каждый фон занимает весь элемент, что определяется значением повторения. Если на одном из ваших фонов есть прозрачные части, фоны под ним будут просвечивать.
В зависимости от внешнего вида, если вы все равно используете методы CSS3, почему бы не поиграть с такими вещами, как border-radius? Кроме этого, я предлагаю дать нам представление о том, чего вы пытаетесь достичь, и дать нам jsfiddle или живую демонстрацию того, что на самом деле происходит.