Во-первых, вы хотите указать имя файла в качестве аргумента вашей программы. Или весь файл в качестве ввода? В первом случае вы делаете:
"program filename.txt"
В секунду вы вводите:
"program < filename.txt".
В первом случае имя файла является вводом. И ваша программа должна сама открыть файл. Во втором случае содержимое файла передается как ввод файла.
Если вы даете только имя файла, имя файла находится в аргументах вашей основной функции (аргументы массива части "main (String args [])". Используя это имя файла, вы можете использовать ранее предложенную readFileToString для преобразования содержимое файла в строку.
Если вы хотите использовать другой метод ввода файла "program http://download.oracle.com/javase/6/docs/api/java/io/InputStream.html
Вы также упоминаете, что довольно плохо знакомы с Java. Я надеюсь, вы знаете о существовании документации Java? http://download.oracle.com/javase/6/docs/api/index.html содержит много информации, которую вы, возможно, захотите узнать.