Проверьте правильность вашего пути к Babel.Build.targets. Затем отредактируйте этот файл и найдите свойство EnableObfuscation, чтобы убедиться, что оно существует.
Я изменил предложенный конфиг из документации на следующий и добавил ко всем моим проектам, и он отлично работает.
<Import Project="C:\Program Files\Babel\MSBuild\Babel.Build.targets" />
<Choose>
<When Condition=" '$(Configuration)' == 'Debug' ">
<PropertyGroup>
<EnableObfuscation>false</EnableObfuscation>
</PropertyGroup>
</When>
<When Condition=" '$(Configuration)' == 'Release' ">
<PropertyGroup>
<EnableObfuscation>true</EnableObfuscation>
<ILIterations>3</ILIterations>
<StringEncryption>true</StringEncryption>
</PropertyGroup>
</When>
</Choose>
Вышеописанное работает в моем проекте Windows Phone 7 и работает с файлом XAP, добавив его в дополнение к автозагрузке проекта
<Target Name="AfterBuild">
<CreateProperty Value="@(_OutputPathItem->'%(FullPath)$(XapFilename)')">
<Output TaskParameter="Value" PropertyName="BabelInputFile"/>
</CreateProperty>
</Target>