При открытии окна параметров (меню Сервис -> Параметры) вы увидите несколько кнопок с надписью «Экспорт», которые позволяют вам сохранить все ваши настройки. Это выведет ваши настройки (я верю в формат XML) в какой-нибудь zip-файл. Вы можете попробовать сделать это для более старой версии, выбрать, какие настройки вы хотите перенести, а затем импортировать их в более новую версию.
Хотя это перенесет ваши настройки, я не думаю, что это будет что-то делать с открытыми проектами или другими кэшированными объектами. Вы можете отследить, где хранится эта информация, и скопировать ее в новую установку, но это кажется рискованным. В целом, если возможно, я бы сказал, что лучше всего избегать использования NetBeans 6, когда у вас установлено 7, и удалять все следы вашей установки 6 (очевидно, за исключением реальных папок проекта).
РЕДАКТИРОВАТЬ: на самом деле забыл упомянуть что-то важное. Экспортируйте все 7 настроек, прежде чем пытаться импортировать 6 настроек! Я советую вам делать это регулярно, например, перед установкой обновлений или после серьезных изменений (например, новых шаблонов кода, сочетаний клавиш ...), чтобы иметь некоторую резервную копию на случай, если все пойдет FUBAR. Господь знает, что это случилось со мной не раз.