В некотором смысле, вы собираетесь заново изобретать колесо, и вероятность того, что в зависимости от сложности вашей установки вы ошибетесь, будет велика. Инсталляторы знают, как правильно вызвать api настройки, чтобы зарегистрировать приложение для удаления. Они знают, как правильно установить службу Windows, создать пункты меню «Пуск», настроить ярлыки и т. Д., ....
От всей души рекомендую WiX лично. Он дает вам всю гибкость установки на основе MSI, а также гибкость и простоту сценария на основе xml.
Очень легко написать пакетный скрипт, чтобы скопировать приложение на место и создать несколько записей в реестре. Нетрудно убедиться, что установщик откатит транзакцию, если какая-либо часть установки не удалась. Это присуще установке MSI и является предпочтительным способом доставки приложения.
Если вы не хотите изучать WiX и не заботитесь об использовании установки MSI (основанной на базе данных, транзакционной), хотя бы посмотрите NSIS. Нелегко выполнить базовый установщик всего за пару строк скрипта, и он по крайней мере будет правильно вызывать API установки. Кроме того, вы получаете хороший графический интерфейс. Смотри http://nsis.sourceforge.net