Как уже говорили мои предыдущие ораторы, я бы также порекомендовал вам использовать WiX . Visual Studio (до версии 2008) также имеет собственную встроенную систему установки. Но я бы не стал его использовать, потому что для его компиляции нужно использовать полную IDE Visual Studio. Вы не можете использовать сценарии сборки из командной строки, и поэтому он бесполезен при работе с автоматическим сервером сборки.
WiX дает вам всю необходимую гибкость. И, насколько я знаю, Microsoft будет использовать его в качестве стандартного установщика в Visual Studio 2010.