Наконец-то нашел ответ!Проблема заключалась в том, что уровень Pdf был установлен слишком низко:
writer.setPdfVersion(PdfWriter.VERSION_1_2);
Я изменил это значение на:
writer.setPdfVersion(PdfWriter.VERSION_1_7);
и теперь все шрифты вставлены правильно.
Iна самом деле забыл, что там был кусок кода - я позаимствовал его у проекта, который я делал в прошлом.
Извлеченный урок;)
Я хотел бы знать, почему это такхотя.