Я вижу два варианта для вас:
1) Используя диалоговое окно открытия файла, попросите пользователя выбрать файл, чтобы вы могли скопировать его в изолированное хранилище, затем поработать с ним и заставить пользователя сохранитьфайл на диск, как только вы это сделали.
2) Попросите пользователя установить приложение Silverlight из браузера, это даст вам доступ к файловой системе и свободу чтения MDB.http://msdn.microsoft.com/en-us/library/dd550721(VS.96).aspx#special_features_for_outofbrowser_applications
Лично я предпочитаю второй вариант.
Я предполагаю, что вы используете ADO.Net для чтения базы данных, поэтому вам нужно убедиться, что установлен правильный код.
удачи