Отличительной особенностью ClearCase является то, что вы можете перемещать / переименовывать каталоги, не теряя их историю.
И следующее слияние между оригинальным контентом (перед рефакторингом) и новым контентом должно работать правильно.
Для рефакторинга вам необходим выделенный поток в каждом проекте.
В каждом потоке вы должны перекомпилировать его с последним базовым уровнем, доступным в вашем проекте UCM, а затем выполнить в нем рефакторинг.
В ожидании даты, когда все будут готовы использовать новую организацию кода, вы можете сделать несколько других доставок из потока со старым содержимым в выделенный поток рефакторинга и поставить базовый уровень в потоке рефакторинга после каждой доставки.
Но я бы рекомендовал, чтобы избежать путаницы, сделать 50 новых проектов UCM с интегрированным потоком, основанным на последней базовой версии рефакторинга, доступной из старого проекта UCM.
Таким образом, вы можете снова начать иерархию потока, основываясь только на рефакторинге контента.