Bundler будет использовать тот, который найден на http://rubygems.org,, то есть тот, который находится на первой ссылке, которую вы разместили.
Когда вы пытаетесь использовать невыпущенную ветку / ветку, вы должны передать опцию :git
в вашем Gemfile
, чтобы сообщить Bundler, что использовать этот репозиторий git:
gem 'less-rails-bootstrap', :git => "git://github.com/sgruhier/less-rails-bootstrap.git"