Вместо того, чтобы пытаться «вставить» новую папку git в проект, вы должны:
- клонировать новый репо на том же компьютере.
- Поместите все старые файлы (все, кроме папки .git) в новую папку.
- это даст вам все новые измененные файлы и новые, перечисленные в 'git status'
- Теперь вы можете совершать и выдвигать их без каких-либо проблем.
Это ИМХО, безусловно, лучший подход для этого неуклюжего случая, в котором я оказался пару раз. Однако это не сработает, если разница между вашим репо и центральным слишком велика, заставляя вас делать мегакоммит, который иногда нежелателен.
Прошло много времени с тех пор, как вы спрашивали, надеюсь, это поможет решить проблему.